手数料や口座管理料のほかに、株式利益には税金がかかります。

税率は、2007年12月31日まで、所得税7％＋住民税3％の10％です。2008年1月1日からは、所得税15％＋住民税5％の20％になります。＊平成19年度の税制改正大綱によりますと、現行の証券税制の10％優遇措置は1年延長となる方針です。
ただし、税金がかかるのは「売却による利益が出た場合」のみ。複数の株式を売った場合は、トータルの利益とトータルの損失の差し引きが利益です。例えば、年間で3回株を売った場合、1回目の利益が1万円あっても、2回目、3回目で合計マイナス1万円になったとしたら、利益は0。納税の必要はありません。

納税は確定申告で行いますが、特定口座を利用することで簡便に申告を行なえます。特定口座には2種類あり、どちらかを選択していただくことになります。

(1)源泉徴収ありの特定口座
これは、売買するごとに、証券会社が税金を計算して差し引いてくれる口座。源泉徴収により、確定申告を行なう手間が省けるので、会社勤めの人などに便利です。（源泉徴収ありの特定口座を選択しても確定申告をすることができます。）

(2) 源泉徴収なしの特定口座
証券会社が１年間の損益を計算して、「特定口座年間取引報告書」を送付してくれますので、その報告書を添付して、個々で確定申告を行います。

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